Vào năm 2030, tập đoàn năng lượng M.A.G.M.A phải gửi lực lượng đánh thuê đến để tiêu diệt các mẫu thí nghiệm tuyệt mật.Chúng đã trở nên rất nguy hiểm và khủng khiếp cũng như nằm ngoài tầm kiểm soát của M.A.G.M.A.Người chơi phải thực hiện 16 hoặc 17 nhiệm vụ để tiêu diệt cũng như ngăn chặn lũ quái vật ngoài hành tinh.

Mở đầu game, người chơi đang ở một trong những cơ sở của tập đoàn M.A.G.M.A và sẽ nhận lệnh từ tướng Baker-một thủ lĩnh địa phương.Baker yêu cầu người chơi tìm cách vào căn cứ, sau khi vào được căn cứ người chơi sẽ đi cứu Nicholas-một kỹ sư của tướng Baker và nhân viên của tập đoàn M.A.G.M.A;sau đó người chơi sẽ gặp Kate Lia-một lính đánh thuê.Sau một chuỗi nhiệm vụ bao gồm hồi phục hệ thống điện cho toàn bộ khu vực, tìm kiếm thông tin ở các máy tính trong khu vực,...người chơi cuối cùng sẽ thâm nhập căn cứ của tập đoàn M.A.G.M.A, sau khi dọn dẹp sạch sẽ căn cứ, Kate Lia bị bắt khi người chơi đang kẹt trong phòng máy tính.Baker phát hiện ra rằng có ai đó đứng đằng sau vụ việc này và đang dùng lệnh để hủy diệt căn cứ, người chơi có nhiệm vụ đi hủy quá trình tiêu diệt đó.Căn cứ tiếp theo mà người chơi đến chính là ME2-một trong những trụ sở chính của M.A.G.M.A có chứa đựng thông tin tuyệt mật trong các máy tính.Tuy nhiên, ME2 đã bị hư hỏng và mất kiểm soát, nhiệm vụ đầu tiên của người chơi ở ME2 là thiết lập lại hệ thống bảo vệ, sau đó người chơi sẽ điều khiển một trong những robot bảo vệ phá hủy hệ thống điện để mở các cửa bị khóa ra.Người chơi tiếp tục đi chép toàn bộ dữ liệu tuyệt mật của M.A.G.M.A vào đĩa cứng để giao lại cho Baker, cũng vào lúc này người chơi phát hiện ra rằng Baker đã có thỏa thuận với M.A.G.M.A để đưa lại đĩa và nhận một số tiền lớn.Ông ta yêu cầu người chơi ngậm miệng không được tiết lộ việc này với bất kì ai.

Sau đó, Baker thông báo với người chơi rằng ông ta đã phát hiện ra địa điểm Kate bị bắt giữ và yêu cầu người chơi đi thông qua bằng đường mỏ để đến khu vực yêu cầu.Người chơi trong màn này sẽ sử dụng xe tăng để đến được mỏ, sau khi dọn dẹp sạch sẽ khu mỏ, người chơi sẽ dùng bom phá đường thông đến khu vực chính của lũ quái vật ngoài hành tinh.Người chơi cùng lính đánh thuê của Baker sẽ có nhiệm vụ tiêu diệt toàn bộ trứng và ba con nhện chúa.

Nhiệm vụ này có hai kết thúc cho người chơi chọn, nếu người chơi chọn cách thâm nhập vào hang ổ của chúa tể lũ quái vật người ngoài hành tinh để cứu Kate thì tướng Baker sẽ bất ngờ "trở mặt" yêu cầu người chơi phải giao cho ông ta cái đĩa-chứa đựng thông tin để điều khiển lũ quái vật ngoài hành tinh, người chơi sẽ phải giết ông ta, bước vào hang ổ chúa tể và giết toàn bộ quái vật trong hang bao gồm cả tên chúa tể người ngoài hành tinh.Màn 17 sẽ được coi là màn khó nhất trong game với lượng quái vật lên đến hơn hàng chục nghìn con và người chơi phải có các vũ khí tối tân mới có thể vượt qua được màn này.Cuối cùng, người chơi phát hiện Kate đã bị giết chết từ trước.Chiếc đĩa bị phá hủy, thông tin mật và cách điều khiển lũ quái vật mất hoàn toàn, khi đó chúng không còn đoàn kết với nhau như trước mà đi thành nhóm lẻ tẻ tạo cơ hội cho loài người tiêu diệt toàn bộ.Game kết thúc với cảnh các thành phố đang phục hồi sau cuộc xâm lăng của lũ quái vật ngoài hành tinh.

Mặt khác nếu người chơi chọn cách kết thúc thứ hai là đưa chiếc đĩa cho Baker thay vì đi cứu Kate thì tên chúa tể quái vật ngoài hành tinh sẽ tạo ra các máy di chuyển quái vật (teleport) đến để giết Baker.Nhưng Baker sẽ nhanh chân chạy mất, khi người chơi tìm đến thì thấy chiếc đĩa đã mất còn Baker thì bị giết chết.Game kết thúc với cảnh phần lớn dân số trên Trái Đất đã bị giết chết, các nhà cầm quyền quyết định phóng tên lửa hạt nhân để hủy diệt lũ quái vật.Tập đoàn năng lượng M.A.G.M.A vẫn cố phục hồi các vũ khí năng lượng trong quá trình thí nghiệm.Tất cả đều được ghi lại trong cuốn nhật ký hành trình của con người cuối cùng còn sót lại trên Trái Đất.